Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le hokage, protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant.
Il y a de cela douze ans, le démon renard à neuf queues entreprit la destruction du village de Konoha, mais le Quatrième hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau né : Naruto Uzumaki. En faisant cela le Quatrième hokage se sacrifia pour sauver Konoha.
L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ont fini par assimiler Kyûbi à Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Il fait ensuite la connaissance de Konohamaru, le petit-fils du 3ème Hokage, qui deviendra le rival de Naruto. Suite à la réunion de l'académie ninja, Naruto se voit accompagné par deux nouveaux personnages pour le besoin d'une équipe de trois : le talentueux Sasuke Uchiwa et la sulfureuse Sakura Haruno. Peu après, ils rencontrent leur jônin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake. Celui-ci indique que Naruto, Sasuke et Sakura ne sont pas encore genins, et qu'il leur faudra passer un test de survie pour monter au grade supérieur. Il explique, le jour du test, qu'ils devront prendre les clochettes que Kakashi accroche à sa ceinture par n'importe quel moyen.Lors de ce test, chacun des trois ninjas va opérer à sa façon : Naruto se précipite sur Kakashi et même en rusant, il ne fait absolument pas le poids contre le jônin, Sakura ne fait que de s'évanouir pendant toute la durée du test, subissant également un genjutsu. Finalement, le seul qui va tirer son épingle du jeu sera Sasuke qui frôlera l'une des clochettes en démontrant toute la puissance de son clan aujourd'hui maudit. Une fois l'heure limite passée, Kakashi explique que l'équipe n'a justement pas agit en équipe. Tous les trois ont agit seuls...
Durant la première saison Naruto passe l'examen de chûnin mais Orochimaru l'interrompt pour détruire Konoha mais il échoue car le Troisième hokage s'est sacrifié pour sauver Konoha. Peu après, le premier duo de l'Akatsuki, une organisation criminelle, fait son apparition : Itachi Uchiwa et Kisame.
Ensuite, Sasuke quitte Konoha pour rejoindre Orochimaru parce qu'il veut acquérir la force nécessaire pour vaincre son grand frère Itachi et ainsi venger la destruction de son clan et la mort de ses parents.
Ce qui suit dévoile des moments clefs de l'intrigue.
La seconde saison (en cours, appelée Naruto Shippūden) se recentre autour de Naruto, deux ans et demi plus tard. L'Akatsuki, se réveille et commence à rechercher tous les jinchūriki (porteur de démon aussi appelé réceptacle) pour leur retirer leur bijū (démon) et, à l'aide d'un jutsu, les sceller dans une énorme statue. Il existe neuf différents bijū, classés du plus puissant au moins puissant en fonction du nombre de queues qu'ils possèdent. Ainsi Naruto possède le démon le plus puissant en lui car Kyūbi possède neuf queues. Le premier duo de l'Akatsuki fait son apparition: Deidara, manipulateur d'argile explosive, et Sasori, maître-marionnettiste. Ils capturent Gaara et lui extraient son bijū, le laissant pour mort. Sasori se fait tuer par Sakura – depuis devenue élève de Tsunade – et Chiyo, sa propre grand mère. Gaara est finalement sauvé au prix de la vie de Chiyo. Le débonnaire Tobi remplace Sasori au sein de l'Akatsuki.
On apprend que Kabuto fut un temps espion de l'Akatsuki auprès d'Orochimaru, manipulé par Sasori. Naruto attaque alors Orochimaru et se transforme partiellement en démon-renard. Il a alors quatre queues et perd tout contrôle de lui-même (on apprend dans le chapitre 370 que le sceau sur le ventre de Naruto a une clé qui permet de le fissurer partiellement ou complètement, Jiraiya va donc utiliser la 1ère option pour permettre à Naruto d'utiliser davantage le chakra de Kyuubi). Quant à Sai, nouveau membre affecté dans l'équipe dirigée par Kakashi, sa mission était en fait de tuer Sasuke mais le jeune ninja finit par renoncer à ses desseins. Un Sasuke plus adulte et très puissant grâce à l'enseignement d'Orochimaru apparaît. Suite à l'affrontement contre son ami, Naruto subit un entraînement sévère. Un nouveau duo d'Akatsuki fait sont apparition : Kakuzu et Hidan. Ces deux combattants seront finalement vaincus par Naruto et Shikamaru, Naruto ayant réussi à neutraliser complètement le plus que vétéran Kakuzu (il a combattu le Premier hokage), et de son côté, Shikamaru a vengé la mort de son sensei (maître) Asuma Sarutobi tué par Hidan.
Un peu plus tard, Sasuke profite d'un moment de faiblesse d'Orochimaru pour s'en débarrasser (son âme sera enfermée dans le corps de Sasuke alors que Kabuto lui redonne partiellement la vie en accueillant les cellules du sannin légendaire dans son propre corps) puis Sasuke constitue une équipe appelée Hebi (serpent) composée de Suigetsu, prisonnier d'Orochimaru et épéiste du village caché de Kiri (le village de Momochi Zabuza). À noter que lors de sa libération par Sasuke, Suigetsu récupère l'épée géante du défunt Zabuza). La deuxième recrue est Karin, une kunoichi (femme ninja) gardienne d'une prison d'Orochimaru ayant comme capacité le repérage de ninjas à leur chakra. Enfin, la dernière recrue est Jūgo, un des prisonniers les plus précieux d'Orochimaru. Il a une double personnalité, l'une docile et pacifiste, l'autre meurtrière et psychopathe. Cette personnalité belliqueuse il l'a doit à son pouvoir de métamorphose du corps, qui le transforme en monstre à la force surhumaine... en fait c'est de ce pouvoir que viennent tous les sceaux maudits qu'Orochimaru a donné. Ainsi Sasuke doit la force que lui procure son sceau au sang de Jûgo.
Poursuivi par les membres de l'Akatsuki, Sasuke se bat contre Deidera. Après un combat acharné mais dominé par Sasuké et son sharingan, Deidara ne supportant plus la supériorité des pupilles des Uchiwa décide de se faire exploser mais Sasuke utilise un jutsu afin de se transporter dans Manda le serpent géant d'Orochimaru (Sasuke a au préalable hypnotisé le serpent avec un Genjutsu pour le contrôler et ainsi utiliser le corps du serpent géant comme bouclier)Manda semble être mort, et survit ainsi à l'explosion finale de Deidera alors que Manda meurt des suites de ses blessures.
Un nouveau duo apparaît : Pein le chef d'Akatsuki et une étrange femme nommée Konan. Mais encore plus intéressant alors qu'on croyait Tobi mort dans l'explosion de Deidera, non seulement il est vivant mais on apprend qu'il est le véritable leader de l'Akatsuki. Il possède les pouvoirs de Madara Uchiwa et semble très étroitement lié à ce personnage.Tobi est dans la Vallée De La Fin sur la statue de Madara. Sasuke avec son équipe croise un clone de Naruto qu'il détruira avec le chidori,Naruto sait où se trouve Sasuke et l'équipe de konoha le poursuit;quant à Jiraya il a en face Konan qu'il semble connaitre, Pein a changer d'apparence sa coupe de cheveux ressemble plus à celle de Deidara il dit qu'il n'aura aucun regret à tuer Jiraya, de plus Jiraya dit à Konan qu'elle est devenu une très belle femme